يتميّز السّيد المقدّس بأخلاق عظيمة وسجايا فريده حتى ملك قلوب النّاس ومن ثم أحبّته القلوب ورأت فيه أخلاق المعصومين ( عليهم السلام ) ألى درجة أن المحبين له يبكون عندما ينظرون اليه .

من صفات مرجعنا السيستاني دام ظله سكوتاً لا يتكلم ألا عند الحاجة , شديد الاحترام للعلماء و المشايخ , كثير البكاء من خشية الله في جوف الليل , كثير الحياء حتى في مرحلة شيخوخته وقد وصفة السيد حسين البر وجردي قدس سره في رساله بعثها الى والده بأنه : أفرط في الحياء , عزوفاً عن المخالطة والأمور الدنيوية ولا يخرج ألا لقضاء حقوق الإخوان , زاهداً في حطام الدنيا .

السيد السيستاني دام ظله لا يملك منزلاً , وقد جاءه يوماً أحد تجار البحرين وعرض عليه شراء دار له فأمره السيد دام ظله بأعاده بناء أحد المساجد المعروفة في النجف الأشرف .

السيد السيستاني دام ظله كريماً وسخياً كأجداده الطاهرين عليهم السلام بحيث السائل يكتفي بعطائه فلا يقصد سواه , المرجع السيستاني معروف بعطائه ومع ذلك يشترط على أن لا يبوح أحد بذلك , كما له مساعدات في المشاريع الخيرية مع اشتراط عدم البوح بذلك ويأمر ولدية العلمين بإعانة الفقراء وخصوصاً طلاب العلم من دون أخبارهم أن المال من السيد دام ظله الشريف .

اما تواضعه فهو مضرب المثل , فهو أول الداخلين الى مجلس الدرس كي لا يقف له أحد من طلابه , ولا يترك مجالاً من الوقت ألا وهو يملؤه بالعلم حتى أذا جلس مع عائلته حدثهم بالروايات الشريفة .

يتعامل السيد السيستاني مع المجتمع تعامل الوالد الحنون مع أولاده فهو يتفقد أحوال الفقراء والمحتاجين من الطلبة وغيرهم وينقل عنه آية الله السيد منير الخباز حفظه الله بأنه كثير الأعتناء بالطلبه والمشتغلين خصوصاً من لهم حديث عهد بالنجف الأشرف , والسيد منير الخباز ممن شملتهم عناية السيّد أبان مجيئه الى النجف الأشرف .

يقول عنه آية الله السيد أحمد المددي حفظه الله : وقد زهد في الدنيا زهداً منقطع النظير لم يعهد مثله ألا عند الأوائل من رجال السلف , فقد كان لا يعتد بالمال والجاه , بل يقنع بالقليل من كل شيء لم يكترث بما يأكل ويشرب ويلبس ويفترش , أما أثاثه فمتواضع جداً , ومظهره بسيط للغاية .

يقول آية السيد محمود الهاشمي عنه دام ظله : وقد كتب لي التعرف عليه ولا زلت اتذكر بأنه يلوذ في مشيه بجانب الزقاق شبه منكسر في رواحه وغدوه من البيت الى المسجد الذي يصلي ويدرس فيه , الى حرم أمير المؤمنين عليه السلام الذي كان يزوره ليستمد من روحه ويجدد به وله العهد على الأستقامه .

السيد السيستاني دام ظله يتميز بالهدوء والتواضع فأذا سلم عليه أحد رحب به كبيراً كان أو صغيراً شريفاً أو وضيعاً ,

وجامله على فمه علت ابتسامه موقره بريئة .

وأشهد الله الرجل غني عن ثنائي وشهادتي

فقد تشرفت بخدمته لسنوات فما رأيته مزهواً ولا متبختراً ولا راغباً في الظهور أو متصدياً للبروز أو طالباً للجاه والعنوان