امتازت جامعة المصطفى بالجمع بين المناهج الدراسية الحوزوية والمناهج المطورة عن المناهج الاكاديمية وكانت تجربة ناجحة جدا في الجمهورية الاسلامية سدت الفراغ الكبير في وجود شهادة اكاديمية يحملها طلاب العلوم الشرعية في الحوزة العلمية في قم وغيرها من المدن الدينية المقدسة .

    ويعتبر الجمع بين المناهج  الدراسية من الامور الصعبة في الدراسة الدينية لعدم وجود نماذج سابقة يمكن الاخذ منها ومن تجربتها وعندما تكون التجربة رائدة في بابها فانها تصادف كثيرا من الصعوبات كما ان الكثيرين قد يتوقفون في التعامل مع التجربة والمساهمة في عملها مخافة الوقوع في تضييع الجهد في امر محكوم عليه بالفشل ؛الا ان هذا الامر قد تبدد مع مرور الوقت وصارت التجربة رائدة في بابها من جهة وناجحة من حيث الاثر من جهة اخرى .

     وبالرغم من وجود هذه التجربة ونجاحها في مهدها الا ان هذا لا يعني ان تعمم التجربة الى كل مكان دون النظر الى خصوصيات المكان والزمان ؛ومن هنا لم يكن من الصحيح ان تعمم هذه التجربة الى اماكن اخرى من دون تقديم دراسة وافية عن ظروف البلاد الاخرى ومدى ملاءمة الدراسة لمستوى الوضع العلمي السائد في البلدان الجديدة.

    وقد تلقى العراق هذه التجربة بترحاب كبير خصوصا في العاصمة بغداد لملاءمة هذا النوع من الدراسة لوضعهم العلمي الذي يغلب عليه الجانب الاكاديمي ,وتم فتح فرع للجامعة في بغداد وباشر العمل في قبول الطلبة منذ سنوات .

    اما المنهج الذي تجري عليه الجامعة في الدراسة فهو منهج جديد من حيث المواد المختارة للدرس الا ان بعض مواده بقيت قابلة للتطوير بسبب صيغة التطوير التي جرت عليها فكرة الجامعة.

    وقد تعاونت الجامعة مع عدد من المدارس الحوزوية في النجف وكانت بمثابة المشرف على المناهج المقررة في التدريس من حيث اختيار الكتب البديلة للكتب المعروفة في النجف الاشرف .

   وكانت عدد من تلك الكتب ملخصات اخذت من كتب الشيخ ايمن المصري المشرف على الجامعة وقد تم اختيار عدد من تلك الكتب للتدريس في تلك المدارس وبقي الحال على هذا المنوال الا ان عددا من تلك الكتب لم يكن بمستوى الطرح العلمي الموجود في تلك العلوم ولذلم تم الغاء عدد من الكتب وتبديلها بالغير .

    ولعل المناسب ان تراجع ملخصات الكتب الخاصة بالشيخ من قبل لجنة متخصصة في العلوم العقلية من اجل بيان ملاءتها للمحتوى العلمي .

ومن المعروف ان تغيير المناهج الدراسية يحتاج الى جهد مضاعف يتناسب مع الوضع العلمي للبلد ولذلك كانت القضية تحتاج الى وقت اكبر لوضع الخطة المناسبة للمنهجية الملائمة للوضع الموجود في النجف.

وتم افتتاح فرع للجامعة من اجل متابعة شؤون قدماء الطلبة من خريجي الجامعة في الشؤون المختلفة في مسائل الاعتراف ووصول الاوراق الخاصة بهم وتزويد الطلبة بالمستمسكات الخاصة بالتخرج ونحو ذلك من الامور اما التقديم فهو يكون في بغداد والتجربة تعتبر جديدة على العراق بالرغم من وجودها في ايران منذ سنوات وهي تجربة تعد ناجحة لعدم المنافس لها في العراق في مثل هذا النوع من المشاريع الثقافية التخصصية .