ان المعروف عن اسرة ال الحكيم منذ زمن السيد محسن الحكيم عدم الميل للعلوم العقلية في الدروس الحوزوية والتاكيد على منهجية تختلف عن منهجية الراغبين في الدرس الحوزوي او الواقفين في الوسط بين الرفض المطلق والقبول المطلق.

 

     وهذه الصبغة صارت علامة معروفة عنهم حتى ان البعض يعتبر ذلك عداء علميا كاملا وليس اختلافا في المنهجية وفي الوقت الذي يرغب البعض في نسبة هذا الامر اليهم يرغب البعض الاخر في نفيه او اخفائه ولكل واحد من الطرفين اسبابه الخاصة في ذلك فالبعض من اجل التقليل من الشان والبعض الاخر من اجل الحفاظ على الشان .

 

      وومما يجدر الاشارة اليه ان من بين شباب هذه الاسرة العريقة من كسر هذه القاعدة في مدينة النجف الاشرف ومدينة قم المقدسة ,ومن الاشخاص الذين فعلوا ذلك هو السيد جعفر الحكيم في قم , وان كان الطلبة في النجف الاشرف لم يحصلوا على مساحة واسعة في تلقي هذه العلوم لعدم رواج تدريسها في النجف كما هو الحال في قم المقدسة   .

 

       وقد استفاد السيد جعفر الحكيم من عدد من اساتذة الفلسفة في قم من قبيل العلامة الاستاذ الكبير غلام رضا الفياضي  وقد قرر بعض دروسه في الحكمة وصدر له بعض تلك التقريرات كما صدر له بعض ما قرره لاستاذه العلامة الشيخ محمد السند في علم الاصول وغيرهما .

 

     وقد استفاد السيد جعفر من المدارس المختلفة في النجف وقم في قضية الطرح الفقهي والاصولي بمختلف اذواقه وتوجهاته فقد عرف عن النجف التوجه الفقهي والاصولي الرصين فيما عرف عن قم التوجه الانفتاحي على علوم المعارف القرانية والفلسفة والعرفان وقد اخذ من كلا المدرستين ما جعله ملما بكلا التوجهين .

 

     ويعد التلاقح بين المناهج الفكرية والانفتاح على الاساليب المختلفة من اهم اسباب النجاح العلمي في الحوزة العلمية  وقد كانت المناهج المختلفة تتعارض احيانا عند البعض ولكنها الان اصبحت من عوامل  النجاح في الدراسات التخصصية العليا .

 

      

ولم يكن متعارفا في النجف تدريس كتاب اصول الفلسفة ولكن السيد الحكيم عندما عاد شرع في تدريسه وقد حضر عنده خيرة طلبةالحوزة وكان الدرس في مسجد الشيخ الطوسي في شارع الطوسي وقدشكل هذا الدرس باكورة عمل السيد الحكيم في النجف  الاشرف وقد تلاه بعدد من الدروس المشابهة ودرس كتابي السيد الطباطبائي البداية والنهاية عدة مرات خلال هذه السنوات العشر التي اقامها في النجف بعد التغيير.

 

               وكان السيد خلال هذه الفترة يعد العدة للتدريس على مستوى البحث الخارج في علمي الفقه والاصول وقد كان له ما كان فعلا وكان درسه شاملا من حيث الحضور لطلبة العلوم في قم والنجف وكان درسه حافلا بالحيوية والحوار كنتيجة طبيعية لما استفاده الاستاذ والطلاب من منهجية الدروس العقلية والفقهية والاصولية في مرحلة التخصص وقد برز في هذه الفترة نوع من الرد غير المباشر بين توجهين مثلهما من جهة قم السيد الحكيم ومثلهما من جهة النجف احد علماء الاسرة وهو السيدمحمد تقي الطباطبائي الذي اخذ على نفسه الرد على الاخطاء التي يعتقد ان مناهج العلوم الفلسفية اوصلت اليها ووقع بسببها الكثير من العلماء في تبني بعض الافكار غير الصحيحة ظنا منهم بعد وجود خلل في هذا الامر مع ان الامر كما يقول السيد فيه مخالفة صريحة لمنهج اهل البيت عليهم افضل الصلاة والسلام وربما يشبه هذا النهج النهج الذي سار عليه الميرزا الاصفهاني في مشهد وقد تاثر بهذا المنهج عدد غير قليل من علماء النجف وقم لانه منهج مقبول عند البعض الى حد ما ومرفوض عند البعض الاخر فيما يرى البعض من العلماء انه النهج الذي يمثل مدرسة اهل البيت عليهم افضل الصلاة والسلام .

 

وعند التجوال في اروقة البحث الخارج يبدو واضحا الفرق الواضح بين التوجه الذي عليه الشيخ الفياض وبين التوجه الذي عليه الشيخ بشير النجفي في هذه القضية الا ان السيد جعفر الحكيم يعتبر من الاساتذة الذين حازوا قصب السبق في الجمع بين التوجهات بحكم اصوله العربية الميالة الى التامل في النصوص والرويات وبحكم تتلمذه على بعض اساتذة المعقول , ولعل هذا ما جعل درس السيد جعفر من الدروس التي يتوقع لها انتاج شيء مخالف للمنهج المتبع في البحوث المشابهة بالرغم من وجود عدد من الاساتذة في قم ايضا كالشيخ هادي ال راضي والشيخ الايرواني وغيرهما .

 

وهذا الميل الخاص نحو العلوم العقلية يضفي دقة واضحة على الدروس التخصصية قد لا يتعرض لها البعض الاخر من الاساتذة ويعتبرون التعرض لها فضولا من القول وليس له ثمرة عملية بالنسبة اليهم .

 

ويمكن القول ان البحث الخاص بالسيد جعفر الحكيم وان لم يكن مختلفا من حيث الحضور عن بحث السيد علي السبزواري كثيرا الا انه يعتبر بحكم الجمع بين المناهج من البحوث التي يتوقع لها الحضور في اروقة المحافل العلمية في النجف وقم ايضا .