حين أرسله الإمام علي بن أبي طالب "عليه السلام" إلى الخوارج ليعظهم وينذرهم،
سألوه:
ــ لماذا أنت تحارب مع الإمام علي "عليه السلام" ضد أهل القبلة، وأنت من كبار صحابه النبي "صلى الله عليه وآله وسلم"؟
أجابهم:
ــ أخذ منا رسول الله "صلى الله عليه وآله" عهدا بقتال الناكثين والقاسطين والمارقين مع الإمام علي "عليه السلام".
هو أبو أيوب الأنصاري من جمله سبعين شخص بايعوا النبي "صلى الله عليه وآله وسلم" في العقبة الثانية على أن يثبتوا في الدفاع عنه، وهو من شيعه أمير المؤمنين "عليه السلام" نزل النبي "صلى الله عليه وآله وسلم" في بيته بعد الهجرة إلى المدينة، ولقب (بمضيف النبي) استضافه لمدة سبعة أشهر، وقيل لمدة شهر واحد قبل بناء المسجد.
قال عنه المؤرخون إنه كان من الصحابة الذين رفضوا الخلافة السياسية ورفضوا بصلابة أوامر السقيفة واعتبره ابن الأثير من خواص صحابة أمير المؤمنين "عليه السلام"، لكن بعض من المؤرخين يذكر أنه شارك في حرب الروم مع معاوية سنه 49 هجريا واصطحبه يزيد معه وكان هرما توفى بعدها بعام.
فما هو تبرير مشاركة أبو أيوب تحت راية معاوية وابنه يزيد ومع أنه يعتبر من الموالين للإمام علي "عليه السلام"، هناك خلاف بين علماء الشيعة عنه، فقد نسب الفضل بن شاذان عمله إلى الغفلة والخطأ في الاجتهاد، وأضاف أنه أراد أن يعمل عملا يقوي به الإسلام ويدل هذا الرأي على النزاعات التي نشبت بينه وبين معاوية، فهو يخاطب معاوية بن أبي سفيان

لا توعدنا ابن حرب إننا بشر
                   لا نبتغي ود ذي البغضاء من أحد
فاسعوا جميعا بني الأحزاب كلكم
                   لسنا نريد ولاكم آخر الأبد
إما علي فإنا لا نفارقه
             ما رقرق الآل في الدوية الجرد

كان لسماحة المرجع الديني السيد أبو القاسم رأيا مهما في القضية فهو يرى أن مشاركته في تلك الحروب قد تكون وفقا لإذن الإمام المعصوم الحسن بن علي "عليه السلام"
وهناك من أشار من المؤرخين إن القرآن الكريم جمع في زمن خلفاء السقيفة، ومنهم من أنسب جمع القرآن إلى الخليفة الأول، ومن قال بجمع القران في زمن الخليفة الثالث.
ذكر البخاري ومجموعة من المؤرخين أن أبا أيوب من الأنصار الخمسة الذين جمعوا القران في عهد النبي "صلى الله عليه وآله وسلم"، لذلك جعل المؤرخين يتناقضون في أقوالهم، وأبو أيوب أثبت لهم إن القران جمع على عهد النبي "صلى الله عليه وآله وسلم" وقد أقر علماء الأمة أن فريقا تشكل برئاسة أمير المؤمنين علي "عليه السلام" لهذه المهمة، ويذهب بعض المؤرخين إلى أنه شارك في بدر وأحد والخندق، واشترك في معركة النهروان، وجعله الإمام "عليه السلام" على الخيالة.
وهو ممن شهد للإمام علي "عليه السلام" بحديث الغدير عن النبي في حق الإمام علي "عليه السلام"، وذكر التاريخ أن الإمام "عليه السلام" عينه واليا على المدينة، لكنه التحق بعلي "عليه السلام" بعد أن أرسل معاوية بسر بن أبي أرطاة مع ثلاثة آلاف مقاتل إلى الحجاز فأحرق بسر بيته بعد الهجوم على المدينة.
وذكر المؤرخون، عندما حاصر مخالفي عثمان بيته كان المسلمون يقيمون الصلاة في مسجد المدينة بإمامة أبي أيوب، وكان من بين الشهود الذين أخذوا في تلك الأيام على عثمان عهدا على أن يعمل منذ ذلك الحين وما بعد بكتاب الله وسنة النبي "صلى الله عليه وآله" وكتب المؤرخون الكثير من الأخبار التي يحضر فيها جانب التلفيق ليزيفوا بعض الأخبار الواردة والمعلومات التي وضعتها العروش.
دفن أبو أيوب الأنصاري عند سور القسطنطينية، وأن قبره قد حضي باحترام الروم إلى الحد الذي كان جمع منهم يذهبون لزيارته خاصه في أوقات الجفاف ويستسقون به المطر، وبناء على ما ورده بن عبد ربه فقد بنيت على قبره فيما بعد قبه ظلت قائمة، لكنها أهملت وأصبح القبر مجهولا حتى سنة 875 هـ حين استولى العثمانيون على القسطنطينية، ففي هذا التاريخ بنى السلطان العثماني محمد الثاني مسجدا وضريحا على قبره رحمه الله.