يُعد واحدا من الأقسام الأساسية التي تلعب دورًا محوريًا في تنظيم وتوزيع المواد العينية بأصنافها المتنوعة المتبرع بها كالأجهزة الكهربائية والمواد الغذائية … إلخ، وضمان وصولها إلى المستفيدين منها من اليتامى المحتضنين وعوائلهم، حيث يقوم القسم باستلامها من مساندينا و إدخالها في النظام المخزني الخاص بالمؤسسة بعد جردها وفرزها بدقة، وبعدها يتم تحرير وصل استلام يُسلّم إلى المتبرع مما يضمن توثيق عملية التبرع بشكل رسمي وشفاف ويساهم في تنظيم المخزون ويسهل عملية تتبعه والإشراف عليه لتوزعها المؤسسة على المستحقين بناءً على الاحتياجات التي يحددها المتابعون الميدانيون في المؤسسة، ويصدر قسم المخازن "سند صرف إلكتروني" خاص بكل عائلة بناءً على التقييم الخاص بها، لضمان وصول المواد بشكل دقيق ومنظم.

فيما يخص المواد الغذائية، تشمل عملية توزيع السلات الغذائية واللحوم بأنواعها بشكل شهري، إضافة إلى توزيع الأضاحي في عيد الأضحى، كما يتابع القسم فروع المؤسسة في المحافظات حول كيفية استلام وتسليم المواد العينية المرسلة من مقر المؤسسة لضمان توحيد الإجراءات وسير العمل بالشكل الأمثل.