لمحة يسيرة وجانب  من جوانب ما تعرض له السيد الخوئي من افتراءات ومضايقات قابلها بمواقف جهادية وصابرة قل نظيرها اتطرق لبعض منها 
عام ٢٠١٥ أصدر الدكتور حسين نصر كتابه (حكمت وسياست) باللغة الفارسية أي (الحكمة والسياسة)، يقيم في الولايات المتحدة، وكان يعمل مديراً لمكتب الملكة (فرح ديبا) زوجة شاه إيران قبل سقوط نظامه.
في هذا الكتاب يروي زيارة (الملكة فرح) الى النجف الأشرف حيث كان برفقتها، فيقول إن اللقاء تم بعد تحديد موعد مسبق مع الإمام الخوئي. وكان لقاءً إيجابياً حظيت الملكة باهتمام المرجع الأعلى الذي أبدى تعاطفه وتأييده لحكومة الشاه في مواجهة المعارضة.
ويقول إن السيد أبو القاسم الخوئي، كان مؤيداً لموقف الشاه، لدرجة أنه قال للملكة: هذه عمامتي خذوها معكم، ولفّوا بها مدافع الدبابات، وأطلقوا النار على المتظاهرين مثيري الشغب. وكتعبير عن تعاطف السيد الخوئي مع ملكة إيران ـ بحسب الكتاب ـ، فانه أهداها خاتماً نُقش عليه: (يد الله فوق أيديهم).
هذا الادعاء الباطل تم تفنيده ونفيه من قبل اكثر من شخصية يضاف اليه الاستدلال العقلي لما كان عليه السيد الخوئي قدس سره من حكمة وشجاعة ، فقد كذبه الشيخ محمد مهدي الاصفي بمذكراته وكذلك كذبه (رضا تقي زاده) وهو زميل (حسين نصر) حيث كان يعمل مسؤولاً كبيراً في مكتب (الملكة فرح) وكان ضمن الوفد قال لا صحة له على الاطلاق وأن ما رواه لا يعدو كونه مجموعة أكاذيب وقصة خيالية نسجها من الوهم.
وكذبه السيد موسى جمال الخوئي عندما اتصل بجده السيد الخوئي والثلاثة ذكروا الحدث بشكل متطابق ونصه 
اكد الثلاثة وهو ان اللقاء كان فاشلاً حيث واجهها السيد الخوئي بالصدود، فخرجت من عنده مُحبطة بعد أن سمعت التعنيف من المرجع الأعلى. ولم يكن هنالك موعدا مسبقا بل اقتحم بيت السيد من قبل محافظ النجف ورجال الامن بصحبة فرح ديبا .
ان المحن التي مر بها السيد الخوئي من اجل الحفاظ على الحوزة لم تمر على زعيم حوزة قبله ، والسهام غير المسؤولة التي تصدر من هنا وهناك في بعض الاحيان سيكون لهم وقفة امام الله عز وجل على ما ادعوه من اباطيل عليه ، ومنهم من الف كتابا عن ثورة السيد الخميني في ايران وذكر مراسلة بين السيد الخوئي والسيد الخميني انفرد بها لوحده ونكذبها لانها لا تليق باخلاق السيد الخميني مدعيا فيها ان السيد ذكر كلاما قاسيا بحق السيد الخوئي . وقد تطرق لها الشيخ الاصفي في مذكراته قائلا : هناك رجل كبير كتب تاريخ الثورة (الاسلامية ) وانا لا اود ان اذكره بالاسم .وقد وجدت في كتاباته مطالب كاذبة حول اية الله الخوئي ..ومواصفات الوضع واضحة  تماما  في تلك الكتابات .وسوف لن اذكر عنوان الكتاب ولا مؤلفه ولكن المطالب الكاذبة والمختلقة واضحة في ذلك المؤلف ..
وحتى يعلم من لا يعلم ويتاكد من يعلم ان السيد الخوئي كان ثقل تفكيره في الحفاظ على الحوزة واستقلاليتها ولتاكيد ذلك يحكى عن لسانه قبل ان يكون مرجعا مرت به ضائقة مالية في شهر رمضان بحيث يفطر ويتسحر هو وعائلته خبز وشاي فقط ، ولانه انسان عادل قرر الرجوع الى ايران لانه يرى لايمكن ارغام عائلته على هكذا معيشة وفي العيد ذهب الى استاذه ليعيده ويعلمه بانه قرر العودة الى ايران وبعد ما قال له ذلك فضحك الشيخ محمد علي البلاغي (١٢٨٢ - ١٣٥٢هـ، في علم الكلام والتفسير) قائلا : انك افضل مني فاني قضيت رمضان بالخبز لوحده ، وهنا استحى السيد الخوئي من هذا الجواب وقرر البقاء ( مذكرات د محمد حسين الصغير )
بسبب خبز شاي قرر الرحيل الا يقرر الرحيل بما تعرض له من حكومة البعث وهو القادر على ذلك؟! وقد هدد بالرحيل لاضعاف حكومة البعث ولكن بقى ليكافح من اجل الحفاظ على حوزة النجف ومرجعية النجف وقد ضغطت عليه حكومة البعث للحصول ولو على نصف كلمة مؤيدة لحربه على ايران فلم يمنحهم واغلق الباب بوجههم ، هذا قمة الجهاد وهنالك حكايات وحكايات ما تعرضت له عائلته وصابر وثابر وجاهد من اجل المذهب .الم يغتالوا ولده السيد محمد تقي على طريق النجف بعد وفاته ؟
ومن حاول ان ينال من السيد الخوئي عندما ارغم على مقابلة الطاغية في بغداد الكل يعلم بوضعية النجف كيف كانت من ماساة واعدامات واعتقالات بحق شباب النجف وبالرغم من ان السيد الخوئي عين لجنة لادارة النجف وحذر من بعض التصرفات التي تؤدي الى ما ادت اليه بسبب عدم الالتزام والانتقام ، ورغم كل ذلك لم يتزحزح عن موقفه في الحفاظ على حوزة النجف وهو يرى تشريد واعتقال  بعض افراد عائلته .
وكم حاول نظام البعث من اعاقة عمله وحتى قام بوضع مواد بناء امام باب جامع الخضراء لمنعه من الصلاة بحجة لديهم اعمار على الرصيف ، والكثير من هذه الاستفزازات تعرض لها السيد الخوئي ولكنه بقي ثابتا على موقفه .
ينقل حفيده السيد موسى الخوئي ان هنالك مقلدين له يسالونه ان الحكومة تفرض عليهم العمل بمناصب في الدولة فما هو رايكم اجابهم ان تتمكنون من خدمة الاسلام ومساعدة المسلمين فلا باس والا....