بعد معجزة ولادته (ع) في بطن الكعبة، ظهرت المعجزة الثانية، حيث نزل اسمه من عند الله العلي الأعلى مشتقا من اسمه سبحانه وتعالى، وكان ذلك بإرادته (جلّ وعلا).
 إن بلوغ أوامره الى عباده، وهدايتهم الى مقاصده، لا ينحصر بالوحي أو الأنبياء، فانه (جلّ وعلا) قادر على أن يبلغها لمن يريد بأي طريق يشاء بالوحي أو الصوت أو النداء، كما حدث لمريم بنت عمران في قوله تعالى: (فَناداها مِنْ تَحْتِها أَلاَّ تَحْزَنِي قَدْ جَعَلَ رَبُّكِ تَحْتَكِ سَرِيًّا) سورة مريم: 24، أو بالوحي، فان مما لاشك فيه فان للوحي مراتب؛ المرتبة الأولى والأعلى تحصل للأنبياء كما قال تعالى: (إِنَّا أَوْحَيْنا إِلَيْكَ كَما أَوْحَيْنا إِلى نُوحٍ وَالنَّبِيِّينَ مِنْ بَعْدِهِ وَأَوْحَيْنا إِلى إِبْراهِيمَ وَإِسْماعِيلَ وَإِسْحاقَ وَيَعْقُوبَ وَالأَسْباطِ وَعِيسى وَأَيُّوبَ وَيُونُسَ وَهارُونَ وَسُلَيْمانَ وَآتَيْنا داوُدَ زَبُوراً) سورة النساء: 163.
 كما وانه أوحى سبحانه وتعالى لغير الأنبياء حيث قال: (وَأَوْحَيْنا إِلى أُمِّ مُوسى أَنْ أَرْضِعِيهِ فَإِذا خِفْتِ عَلَيْهِ فَأَلْقِيهِ فِي الْيَمِّ وَلا تَخافِي وَلا تَحْزَنِي إِنَّا رَادُّوهُ إِلَيْكِ وَجاعِلُوهُ مِنَ الْمُرْسَلِينَ) سورة القصص: 7. وقال أيضاً في سورة طه:38 (إِذْ أَوْحَيْنا إِلى أُمِّكَ ما يُوحى) وقال أيضاً: (وَإِذْ أَوْحَيْتُ إِلَى الْحَوارِيِّينَ أَنْ آمِنُوا بِي وَبِرَسُولِي قالُوا آمَنَّا وَاشْهَدْ بِأَنَّنا مُسْلِمُونَ) سورة المائدة:111. كما أوحى سبحانه وتعالى لغير البشر حيث قال: (وَأَوْحى رَبُّكَ إِلَى النَّحْلِ أَنِ اتَّخِذِي مِنَ الْجِبالِ بُيُوتاً وَمِنَ الشَّجَرِ وَمِمَّا يَعْرِشُونَ) النحل: 68. وقال أيضاً في سورة يونس: 2(أَ كانَ لِلنَّاسِ عَجَباً أَنْ أَوْحَيْنا إِلى رَجُلٍ مِنْهُمْ أَنْ أَنْذِرِ النَّاسَ وَبَشِّرِ الَّذِينَ آمَنُوا أَنَّ لَهُمْ قَدَمَ صِدْقٍ عِنْدَ رَبِّهِمْ قالَ الْكافِرُونَ إِنَّ هذا لَساحِرٌ مُبِينٌ).
فكما ان الله تعالى بلغ مراده الى أم موسى، والى أم عيسى، والحواريين، والنحل، وغيرهم.. بالنداء والوحي، فقد بلغ سبحانه وتعالى أباه أيضاً بأن انتخب اسما لابنه وليد الكعبة، واشتقه من اسمه تعالى.
فقد روى الكثير من المؤرخين انه لما ولد (ع) خرج أبوه وهو يقول: (أيها الناس ولد في الكعبة ولي الله جل جلاله) فلما أصبح الصباح دخل الكعبة وهو يقول:
يارب ياذا الغسق الدجي * والقمر المبتلج المضي
بين لنا من أمرك الخفي * ماذا ترى في اسم ذا الصبي
قالوا: فسمع صوت هاتف يقول:
يا أهل بيت المصطفى النبي  * خصصتم بالولد الزكي
ان اسمه من شامخ العلي *  علي اشتق من العلي
فسر أبوه سروراً عظيماً، وخرّ ساجدا لله تبارك وتعالى، وعقّ عنه بعشرة من الأبل.
قال عبد الباقي العمري:
أنت العلي الذي فوق العلى رفعا * ببطن مكة وسط البيت قد وضعا
وقال الأديب الشاعر بولس سلامة:
اسدا سمت ابنها كأبيها * لبدة الجدا هدية للحفيد
بل عليا ندعوه قال ابوه * فاستفز السماء للتأكيد
يهدم الدهر وهو كالصبح باق * كل يوم يأتي بفجر جديد